疑問詞で始まる英語の疑問文を名詞化する時、その疑問詞そのものが文章の主語である場合と、別の単語が主語である場合とでは、語順等が異なります。

What was bothering him when he had to make the final decision? という疑問文の場合、疑問詞 what がその文章の主語なので、名詞化しても語順は全く変わりません。

しかし例えば What was his job? のような疑問文の場合、主語は what ではなく his job ですので、これを名詞化すると、 what his job was となります。